１９２７年に開業した駅で、当時は大秦野駅という名前でした。これには理由があり、当時はすでに湘南軌道という鉄道の駅に秦野駅があるので、それと区別するため大秦野駅になりました。１９３７年に湘南軌道が廃止された後も大秦野駅という名前でしたが、地元の要望により１９８７年に秦野駅になりました。
秦野は湧水が多く見られ、駅のすぐ近くにも弘法の清水と呼ばれる有名な湧水があります。空海（弘法大師）が杖を地面に突き出したら水が湧き出したという伝説をもつ名水で、そのまま飲用することができます。