１９２７年に開業した駅で、当初は相模厚木駅という名前の駅でした。これには理由があり、当時はすでに相模鉄道（現・JR相模線）の「厚木駅」が存在したためです。その後１９４４年に隣の「河原口駅」が「厚木駅」に改称されたことに伴い、「本来の厚木」という意味で「本厚木」駅となりました。１９９８年には当時の厚木市市長がこの問題を取り上げ、厚木市に厚木駅がないから厚木駅を改名してくれとJR,小田急に要望を出していると表明しておりますが、いまだに駅名の変化はありません。
駅の北口は繁華街として栄えており、かつては志澤や丸井、長崎屋、パルコ、イトーヨーカドーなどの商業施設も立地していました。なお、本厚木駅構内では電車が近づくと、いきものがかりの楽曲「YELL」が流れ、乗降客に本厚木駅到着を知らせてくれます。