１９２７年に開業した駅で、元々は伊勢原市高森辺りに設置される予定でした。しかし、付近の地主の反対を受け、西側の成瀬村石田へ設置する計画、さらには南毛利村愛甲への駅誘致などが持ち上がり、何回も設置場所の見直しがありました。最終的には折衷案として、南毛利村と成瀬村の境界付近に駅を設置することになり、駅名は両方の地名を合わせ「愛甲石田」となりました。
１９８０年代には厚木市・伊勢原市のベッドタウン化による人口の増加の影響を受け、駅北側の整備が行われ、バス路線が開設されました。北口側は国道２４６号に接しているのでロードサイド店舗が多く、南口側は純粋な住宅地となっています。