１９４７年に睦合村立睦合中学校として発足しました。その後１９５５年に町村合併により、厚木市立睦合中学校と改称されました。また、１９７７年に林中学校が、１９８８年に睦合東中学校が分離開校されてます。位置的には荻野川と中津川に挟まれた地域にあり、北には神奈川工科大学、西側には国道４１２号線が走っています。

学校教育目標は「未来を拓き　ともに支え歩む生徒の育成」です。そのための学校経営方針を「学校教育目標の具現化に向け、一人一人の生徒を大切にした学校教育を推進します。」「全教職員の連携と共同体制のもと、教職員相互の働き方を改善し、チームワークと元気な職員集団を堅持し、学校運営を推進します。」「目標の達成に向け、組織的な取り組みの推進と評価の一貫性を高め、効果と効率を 高められるよう改善を図ります。」「すべての生徒の『確かな学力の向上』と『健やかな体の育成』を目指すとともに、 人を思いやる心や規範意識など豊かな人間性を育む心の教育の充実を図ります。」「生徒の自治力を高め『生徒の力で学校を動かし良き校風を創る』意識をあらゆる場 面で育てます」「家庭・地域との連携、協力を深め、認められ、支えられる学校づくりを推進します。」と定め、子ども達の教育に取り組んでいます。